Praktiska system består ofta av delar varför kluster uppstår. I det mest urartade sådana fallet finns två kluster och en länk mellan dem. Beräkningen kan då liknas med system där det finns en "trång" bro mellan delsystemen.
I ett mer generellt fall så finns det en mängd kluster av olika storlek förbundna med få "svaga" kommunikationslänkar.
Resursteorin säger detsamma som för allokering i homogena system. Av den anledningen så skall allokeringen inom varje kluster vara god medan allokeringen mellan klustrena har störst betydelse.
Några specialfall är uppenbara:
- klustrena och problemet matchar varandra i storlek så att låg kommunikation finns över "broarna"
- problemet är randomiserat så mycket att det inte går att hitta någon matchning mellan kluster och problem
- enbart två eller få kluster finns. Urartar detta till att merparten av beräningarna hamnar i ett stort kluster?
Man kan här se analogier. Om klustrena innehåller kraftfulla länkar och processorerna är snabba så att i stort sett enbart broarna bestämmer prestanda kan systemet liknas med ett system där varje kluster motsvarar en processor. Ett sådant system kan optimeras på samma sätt som ett homogent system.
De olika klustrena kan vara av olika storlek och prestanda. Även om så skulle vara fallet så borde ovan angivna analogi hålla.
Allokeringsproblematiken ändras då i stort sett till att hitta lokalitet till de olika klustrena.
Allokeringsmekanismerna för sådana system studeras.